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據《藥師琉璃光如來本願功德經》記載，藥師佛在因地修行菩薩道時，曾發十二大願：
愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时：

第一大愿：自身光明炽然，照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相、八十随形，庄严其身；令一切有情，如我无异。
第二大愿：身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
第三大愿：以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
第四大愿：若诸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第五大愿：若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
第六大愿：若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病苦。闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿：若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属、资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身。闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：若诸有情，王法所加，绳缚鞭挞，繫闭牢狱，或当刑戮，及餘无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业。得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具、华鬘、涂香、鼓乐、众伎，随心所玩，皆令满足。
淨琉璃世界及往生法門[编辑]